Im Jahr 1865 fielen zwei Drittel des Ortes den großen Brand zum Opfer, darunter die inmitten des Dorfes am Marktplatz gelegene Pfarrkirche samt wertvoller Ausstattung. Nur die Umfassungsmauern und der ausgebrannte Turm blieben stehen. Unter den 146 zerstörten Häusern war auch der Pfarrhof.
Der Wiederaufbau der Pfarrkirche erfolgte im Jahr 1866. Neben dem Turm konnten auch die noch stehenden Umfassungsmauern des Schiffs aus Roll- und Bruchsteinmauerwerk übernommen werden; das Schiff wurde erhöht, um eine Fensterachse nach Osten verlängert und mit einem neu gebauten Chor versehen.
Der Hochaltar zeigt den aus dem Grab erstandenen Christus segnend mit der Siegesfahne.
Wenn in der Advents- und Fastenzeit die Altarflügel geschlossen sind, werden die Figuren der Apostelfürsten Petrus und Paulus sichtbar, die sowohl für die Beständigkeit und Festigkeit in der Kirche (Petrus) als auch für die Offenheit und die Freiheit des Evangeliums (Paulus) stehen.
Der im Altarraum hervorgehoben stehende Taufstein verdeutlicht die Botschaft der "Altarbildwand" mit der zuoberst bekrönten Darstellung der Taufe Jesu durch Johannes, der schwebenden Heilig-Geist-Taube und den seitlich stehenden Glaubenszeugen Ulrich und Afra, den Schutzpatronen des Bistums und der Stadt Augsburg.
Über dem Chorstuhl steht das kleine innige Gandenbild Unserer Lieben Frau zu Appach, die dem Betrachter das segnende Kind reicht. Es stammt aus der ältesten der drei Lorettokapellen und ist sowhl eine Werkstattarbeit des in Kempten ansässigen Meisters des Imberger Altars (um 1490).
Ihr gegenüber an der Nordwand befindet sich die Sitzgruppe einer lehrenden Mutter Anna mit Maria aus der Zeit der Mystik.
Dem Osterfestkreis als Höhepunkt des Kirchenjahres und der Taufe Jesu im Chorraum sind im Langhaus die Altäre mit dem Weihnachtsfest und Pfingsten vorangestellt.
Sieben große Passionsbilder des Fischener Malers Johann Baptist Herz, der sie wohl nach niederländischen Stichvorlagen der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts gemalt hat, wurden laut Schöllanger Chronik am 6. Mai 1710 in der Vorgängerkirche aufgehängt und später auf den Dachboden der Seelenkapelle verbannt, wo sie der Brandkatastrophe entgingen.Sie schildern sehr lebendig und farbig die Szenen der Leidensgeschichte in lebensgroßen Figuren.
Das spätgotische Kruzufix an der rechten Seitenwand mit der ausdrucksvollen Maria-und-Johannes-Gruppe aus dem 17. Jahrhundert nimmt Bezug auf Lehre und Predigt der Kirche: "Wir dagegen verkündigen Christus als Gekreuzigten" (1 Kor 1,23).
Besondere Erwähnung verdienen die zwölf Apostelleuchter an den Wänden der Kirche, die für jedes Gotteshaus vorgeschrieben sind. Im Weiheritus, der den Bau als Sinnbild des Himmels, als die Stadt Gottes (Offb 21,13ff) sieht, werden die Stellen als die zwölf Grundsteine mit den Namen der zwölf Apostel bezeichnet und deshalb durch den Bischof kreuzförmig gesalbt.
Die wenigen noch erhaltenen Grabsteine und Gedenktafeln der Pfarrer von Oberstdorf, die sich im Westteil der Kirche und im Vorzeichen befinden, zeugen von Ansehen und dankbarer Erinnerung, wie auch die neueren schlichten Priestergräber an der südlichen Außenseite der Kirche.
Die neugotische Kanzel aus Eichenholz trägt vier silbergefasste Reliefs, die sich auf die frohe Botschaft des Evangeliums beziehen.
An der inneren Westwand, nahe dem Weihwasserbecken, hängt das "Oberstdorfer Weihnachtsbild".
Die drei neugotischen Kirchentüren erhielten 1972/74 Kupferbleche mit getriebenen Figurenszenen von dem Bildhauer Willy Veit, Lindau. Sie versuchen, die Heilsgeschichte in markanten Bildern anzudeuten.
Der Abguss einer Johannes-von Nepomuk-Figur am westlichen Aufgang zur Kirche bezieht sich auf den bischöflich-augsburgischen Domkapitular Bernhard von Hornstein, der zur Gämsjagd nach Oberstdorf ging, und am Faltenbach ein Schmelzwerk errichten ließ, wo der Brücken- und Wasserheilige seinen Platz hatte (1782).